L'ultime métamorphose de la presqu'île commence en 1936 avec l'installation de l'Ecole des mécaniciens chauffeurs et scaphandriers dans les locaux de l'hôpital Saint-Louis… Après sa fermeture durant les hostilités de 1939-1945, l'école réouvre ses portes à la Libération et s'appelle désormais l'EAMF (École des Apprentis Mécaniciens de la Flotte), puis GEEM (Groupement des Écoles Energie de la Marine) en 1989.
Parallèlement, le site Sud de la presqu'île vit la création du CIN (Centre d'Instruction Naval) en 1971. Il fut le fruit d'une décision de regroupement des nombreuses écoles de la marine dispersées jusqu'alors dans la région toulonnaise. Les deux écoles fusionnèrent en 1993 pour former aujourd'hui le plus grand centre de formation de la marine nationale. 

La base d'Aéronautique navale de Saint-Mandrier a pris armement le 1er août 1933. A l'origine base d'hydravions, la BAN accueille en 1951 ses premiers hélicoptères, des BELL 47 de la 58S. La 23S suit en 1954, la 31F et la 33F reviennent d'Algérie en 1961 et 1962. En septembre 1995, la 36F est créée à Saint-Mandrier. Elle sera fermée le 1er janvier 2005.

L'origine de l'École de plongée remonte à 1860 : les premières dispositions sont prises pour former des "mécaniciens-chauffeurs-scaphandriers" au sein d'ateliers centraux de la Flotte (actuellement atelier militaire de la Flotte), implantés dans les 5 grands ports militaires français.
 Un arrêté ministériel de 1873 spécifie "qu'un scaphandre sera désormais obligatoire pour tout navire s'éloignant des côtes françaises".
 Le certificat de scaphandrier est officialisé en 1910.
 En 1948, la compagnie de scaphandrier de l'école des apprentis mécaniciens, installée à Saint-Mandrier depuis 1936, forme environ 10 scaphandriers lourds (pieds lourds) et 15 plongeurs autonomes (équipés du nouvel appareil COUSTEAU-GAGNAN) tous les deux mois.
 En 1953 est créé le certificat de plongeur démineur.
 En 1958 la compagnie de scaphandriers devient une unité indépendante sous le nom d'Ecole de plongée. Parallèlement, la formation des nageurs de combat est assurée par l'École des nageurs de combat (E.N.C.) d'Arsew jusqu' en 1953, puis au Centre d'application commando (C.A.C.) à Saint-Mandrier.
 En 1960, l'École de plongée et le CAC sont groupés sous le nom de "Centre d'Instruction et d'Entraînement à la Plongée" dont le sigle est C.I.E.P.
 En 1964, la spécialité de plongeur démineur est créée.
 L'arrêté n°6 du 15 février 1965 dissout le C.I.E.P. et crée l'Ecole de plongée sous sa forme actuelle : tous les plongeurs de bord, plongeurs démineurs et nageurs de combat reçoivent là leur formation.